राष्ट्रपति संपदा की 330 एकड़ भूमि में समृद्ध जैव विविधता है। खुले स्थान, वन आवरण, पार्क, बगीचे, जंगल के टुकड़े, कई फल देने वाले पेड़ और जल निकाय, सभी ने राष्ट्रपति भवन में समृद्ध वनस्पतियों और जीवों का समर्थन करने में योगदान दिया है।
प्रकृति संरक्षण के बारे में जागरूकता बढ़ाने के लिए इसके निवासियों के लिए एस्टेट में 75 एकड़ में फैला एक नेचर ट्रेल विकसित किया गया है। नेचर ट्रेल एस्टेट के प्रबंधित और प्राकृतिक इको सिस्टम दोनों को कवर करता है और अच्छी तरह से बनाए गए रास्तों से राष्ट्रपति भवन के बगीचों से जुड़ा हुआ है। नेचर ट्रेल की मुख्य विशेषताएं हैं तालाब का इकोसिस्टम, बटरफ्लाई कॉर्नर, बेर ग्रूव, आम का बाग, पीकॉक पॉइंट, ऑरेंजरी, फॉरेस्ट इकोसिस्टम, अभ्रक पॉइंट आदि। सौ छत्तीस जंगली और खेती की जाने वाली पौधों की प्रजातियाँ और चौरासी जानवरों की प्रजातियाँ जिनमें बयालीस अकशेरूकीय और एक समान संख्या में मेंढक, बगीचे की छिपकली, साँप आदि शामिल हैं, को निशान के साथ देखा गया है। पगडंडी के किनारे कुल बत्तीस पक्षी प्रजातियों को भी देखा गया है जिसमें मैना, रेड वेंटेड बुलबुल, इंडियन ग्रे हॉर्नबिल और अन्य शामिल हैं। हालांकि, डॉ. थॉमस मैथ्यू ने अपनी पुस्तक विंग्ड वंडर्स ऑफ राष्ट्रपति भवन में राष्ट्रपति भवन में पक्षियों की एक सौ ग्यारह प्रजातियों को उनके आवास में कैद किया है। उनमें मिस्र के गिद्ध, रेड-नेप्ड इबिस, स्पैनिश स्पैरो, एशियन ब्राउन फ्लाईकैचर, रोफस ट्रीपी, कॉमन वुडश्रीक, इंडियन ग्रे हॉर्नबिल और कई अन्य प्रजातियां शामिल थीं। एस्टेट के प्रसिद्ध पेड़ों में सीता अशोक, बिस्टेंदु, शीशम, गब, लौकी के पेड़, जंगली बादाम, नींबू-सुगंधित गोंद, दून सिरिस और बहुत कुछ शामिल हैं। 160 प्रजातियों के लगभग 5000 पेड़ एस्टेट का हिस्सा हैं।
प्रकृति के प्रति अपने चिर-परिचित प्रेम को देखते हुए माननीय राष्ट्रपति प्रणब मुखर्जी ने राष्ट्रपति संपदा को पक्षियों का स्वर्ग बनाने के लिए कदम उठाए हैं। उनकी अध्यक्षता के दौरान, राष्ट्रपति भवन एस्टेट में लगभग 2000 विभिन्न किस्मों के पेड़ लगाए गए, जिनमें 1000 फल देने वाले पेड़ जैसे भारतीय आंवला, अमरूद, अनार, शरीफा, आम, जामुन आदि शामिल थे। राष्ट्रपति के शब्दों में, “राष्ट्रपति भवन के साथ संरक्षित वातावरण में इसके शानदार बगीचे, खुले स्थान और कई सैकड़ों फलों के पेड़ वाले पार्क उनके लिए स्वर्ग हैं। हम आर्द्रभूमि के निर्माण के माध्यम से इस पारिस्थितिकी तंत्र को और विकसित करने की कोशिश कर रहे हैं, जो हमें आशा है कि पक्षियों की प्रजातियों की एक बड़ी संख्या को नस्ल और यहां आने के लिए प्रोत्साहित करेगी। 2015 में, राष्ट्रपति मुखर्जी ने एक सीवेज उपचार संयंत्र का भी उद्घाटन किया, जिसमें से पुनर्नवीनीकरण पानी का उपयोग आर्द्रभूमि पक्षियों को आकर्षित करने के लिए एक जलाशय को भरने के लिए किया जा सकता है।
दिवंगत राष्ट्रपति ए.पी.जे. अब्दुल कलाम और प्रकृति के प्रति उनका प्रेम, उनकी कविता बरगद का प्रश्न मेरी आत्मा में प्रतिध्वनित होता है, राष्ट्रपति भवन एस्टेट के समृद्ध वनस्पतियों और जीवों के सार को सही ढंग से पकड़ता है।
BANYANS’ QUESTION ECHOES IN MY SOUL
यह दोपहर, तपती गर्मी सड़कों पर झुलसाती मृगतृष्णाओं की भरमार, निराशा में मानव जाति चमक रही तपती धूप की चिलचिलाती धूप झकझोर देने वाली चमक से दुनिया को भिगोती दुनिया सिर्फ अपना पसीना पोंछ रही है फिर भी मैं उस प्यारी बरगद की छत की खूबसूरत छाँव के नीचे खड़ा था हवाई जड़ें उन सभी की तरह हाथ से जुड़ी हुई हैं और सूर्य की किरणों को दूर कर रही हैं ओह! वह प्यारी ठंडी हवा, और गर्मी में क्या राहत पंछी शाखाओं में कूद रहे थे कोयल सबसे ठंडे कोनों में छिपे हुए थे फिर भी उनकी धुँधली आँखों ने तेज धूप का सर्वेक्षण किया मैना बच्चों को लड़ाई की तकनीक सिखा रहे थे मोर छाया के किनारे पर पूर्वाभ्यास कर रहे थे उड़े हुए पंख और पीछा करते हुए मोरनी और, एक सवाल लेजर की तरह सटीकता से किरणित हो गया जैसे सूरज की छोटी-छोटी लटें जो निकल जाती हैं, प्रिय मानवजाति को छोड़ जाती हैं! छठी इंद्री के स्वामी! हम सारी गर्मी सहते हैं और देते हैं छांव मानव सहित अनेक पशु-पक्षी इस तपती गर्मी से आत्मिक राहत पाते हैं फिर भी आप एक-दूसरे को क्या देते हैं और दुनिया बरगद के प्रश्न मेरे मन में गूंजते हैं 
- डॉ. ए.पी.जे. अब्दुल कलाम
