राष्ट्रपति भवन का आध्यात्मिक उद्यान जो नि:संदेह तत्कालीन राष्ट्रपति ए.पी.जे. कलाम की अनुपम खोज है – को प्राय: अनूठी रचना कहा जाता है। इस उद्यान में भारत में प्राचीन काल से उपयोग किए गए विभिन्न धर्मों से जुड़े पेड-पोधे उगाए जाते हैं और उनकी सावधानीपूर्वक देखभाल की जाती है। इस उद्यान की संकल्पना धार्मिक और सांस्कृतिक विविधताओं के बावजूद समाज में समरसता और सहअस्तिव के संदेश के प्रसार के लिए की गई थी।

आध्यात्मिक उद्यान में खैर, बांस, चंदन, हीना, सीता अशोक, बटर ट्री, टेंपल ट्री, कदम्ब, पारस, पीपल, अंजीर, खजूर, कृष्णा बरगद, चमेली, रीठा और शमी जैसे विभिन्न प्रकार के औषधीय महत्व के लगभग चालीस अलग-अलग पेड़-पौधे हैं। आध्यात्मिक उद्यान में 13 फरवरी, 2015 को एक तालाब बनाया गया था। विशेष रूप से बनाए गए इस तालाब में कमल और जलकुंभी की किस्में हैं।